合作社对其生产、制造、加工、拣选或经销的商品或者提供的服务需要取得商标专用权的，应当依法向国家工商行政管理总局商标局（以下简称商标局）提出商标注册申请。目前，办理各种商标注册事宜有两种途径：一是直接到商标局办理；二是委托国家认可的商标代理机构代理。直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他文件外，应提交经办人本人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他文件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。合作社直接办理商标注册事宜的，应到商标局的商标注册大厅办理。商标注册手续比较繁杂，加之注册时间长，因此合作社注册商标最好找专业的代理机构，通过专业人员指导，可以降低注册风险，提高商标注册成功率。
商标注册申请所需资料：商标图样，注册商标所要使用的商品或服务范围，合作社营业
执照复印件。
商标注册申请程序：先对商标进行查询，如果在先没有相同或近似的，就可以制作申请文件，递交申请。申请递交后的1～3个月，商标局会下发一个申请受理通知书（这个阶段叫形式审查阶段）。形式审查完毕后，就进入实质审查阶段，这个阶段大概需1年半左右。如果实质审查合格，就进入公告程序；公告期满，无人提异议的，商标局就会核准注册，下发商标注册证。
根据《商标法》规定，注册商标的有效期为10年，自核准之日起计算。有效期期满之前6个月可以进行续展并缴纳续展费用，每次续展有效期仍为10年。续展次数不限。如果在这个期限内未提出申请的，可给予6个月的宽展期。若宽展期内仍未提出续展注册的，商标局将其注册商标注销并予公告。
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